Makefile.applの場所が、$(SWARMHOME)から$(SWARMHOME)/etc/swarmになりました。あなたのアプリケーションの`include'や、ライブラリ作成ファイルのディレクティブを新しいパス名に変更してください。
ActiveGraphとActiveOutFileは、analysisライブラリに移動しました。これらのプロトコルを利用するすべてのソースファイルが、analysis.hをインクルードしていることを確認してください。